1. 国家重点研发计划“精准医学研究”专项 “多维生命组学数据智能整合分析”课题  课题三、多维生命组学数据智能整合分析     No. 2018YFC0910403    2018.07.01-2020.12.31  骨干成员                    
2. 国家自然基金面上项目

基于组织多层网络模型的药物重定位方法研究 No. 61672406  

2017.01-2020.12承担药物-疾病相关性算法的研究   项目负责人

2. 国家青年科学基金项目：

基于蛋白质相互作用网络的疾病模块挖掘   No. 61202174   

2013.1-2015.12   承担疾病基因预测算法的研究  项目负责人

3. 陕西省自然科学基金项目                                  

   药物靶标预测及药物重新定位方法研究  No. 2016JQ6057   

2016.1-2017.12  承担药物重定位算法的研究 项目负责人    

4. 国家自然基金重点项目

 基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法   No.61532014

2016.01-2020.12 承担模式算法的研究 主要参与人（项目负责人 高琳）

5. 国家自然基金重大研究计划项目：

复杂疾病恶化过程相关模式发现理论与方法研究       No. 91130006        2012.1-2014.12  承担疾病模式算法的研究  主要参与人（项目负责人 高琳）75万

6. 国家自然基金重点项目：

 生物网络数据分析与挖掘中相关理论与关键技术         No.60933009 

 2010.1-2013.12    承担模块挖掘算法的研究  主要参与人（项目负责人 高琳）     

7. 高等学校博士学科点专项科研基金

基于图挖掘的蛋白质网络功能模块识别算法No. 200807010013      2009.1-2011.12       主要参与人

8. 中央高校基本科研业务费专项资金资助：蛋白质网络功能模式挖掘及应用研究        No. K50510030006      2010.9-2012.9 项目负责人           
9. 国家自然科学基金资助项目：生物分子网络数据分析中相关图问题及其算法研究     No. 60574039          2006.1-2008.12 主要参与人      
10. 国家自然科学基金资助项目：协同学习模式下流数据的聚类与预测联合实现方法研究 No.61072103       2011.1-2013.12  主要参与人