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科学研究

一、研究方向

        计算生物信息学(Computational Bioinformatics)是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科,以生物数据作为研究对象,研究理论模型和计算方法,开发分析工具,进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。

        针对高通量的生物网络数据,我们研究的重点集中在图模型及其相关的图论与组合优化算法、数据挖掘与机器学习算法等在以下问题中的应用:

        1、机器学习与数据挖掘理论及应用

     1)机器学习基础理论研究

2)海量数据挖掘理论、方法与算法

3)模式理论与生物数据的模式发现

        2、高通量组学数据挖掘及在复杂疾病中的应用

             1 组学数据建模与高效分析算法,数据分析平台及可视化软件

             2 复杂疾病模式挖掘与分析方法,软件及分析平台                 

             3 非编码RNA识别、功能预测及疾病关联分析             

        3、图论与组合优化算法及应用

             1)图的划分算法,基于矩阵理论及图的结构特征,图论模型及应用

             2 组合优化算法,生物信息中的组合优化问题,优化计算设计

二、国内外合作与交流

1、国内合作与交流

项目合作与博士生合作培养:哈尔滨工业大学,山东大学,中科院数学与系统科学研究院,中科院计算技术研究所,中科院生物物理所,中科院上海生科院

2、国际合作与交流  

博士生合作培养,项目合作,访问学者合作交流University of PennsylvaniaHarvard University 医学院,University of Michign, University of British Columbia香港浸会大学,University of Guelph, University of Iowa

三、科研项目

[1] 国家自然科学基金重点项目:基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法

     No. 61532014 2016.1~2020.12  项目负责人

[2] 国家自然科学基金重大研究计划-延续项目:基于非编码RNA调控网络的复杂疾病致病模式发现研究

        No.91530113  2016.1~2016.12  项目负责人

[3] 国家自然科学基金重点项目:基于高通量 RNA-seq 数据转录组拼接的关键技术与算法研究  

         No.61432010  2015.1~2019.12   项目负责人

[4] 国家自然科学基金重大研究计划项目:复杂疾病恶化过程相关模式发现理论与方法研究

         No.91130006  2012.1-2014.12    项目负责人

[5] 国家自然科学基金重点项目:生物网络数据分析与挖掘中相关理论与关键技术

No.60933009    2010.1-2013.12     项目负责人

[6] 国家自然科学基金项目第六届系统生物学国际研讨会

       No. 61210306032  2012.8~9     项目负责人

[7] 高等学校博士学科点专项科研基金基于图挖掘的蛋白质网络功能模块识别算法

 No.200807010013   2009.1-2011.12    项目负责人

[8] 国家自然科学基金资助项目生物分子网络数据分析中相关图问题及其算法研究

No.60574039        2006.1-2008.12        项目负责人

[9] 国家自然科学基金资助项目基于自装配的分子计算模型及算法研究

   No.30470414        2005.1-2005.12      项目负责人

[10] 教育部留学回国人员科研启动基金生物网络的模体发现算法研究

    2007.1-2008.12        项目负责人

[11] 陕西省科技攻关项目基于H.254的新一代视频会议系统

   No.2004K05-G30        2004.1-2005.12        项目负责人

[12] 陕西省自然科学研究计划项目DNA计算:自装配模型及算法研究

   No.2003F09        2004.1-2004.12       项目负责人

[13] 陕西省自然科学研究计划项目DNA分子生物计算理论及其在决策和组合优化问题中的应用       

           No.2001X05         2002.1-2003.12      项目负责人

[14] 太原卫星发射基地项目多测速设备远程智能诊断方法及技术研究

   2009.12-2010.6        项目负责人

[15] 西门子公司基于贝叶斯网络的告警事件关联分析

   2010.1-2010.6           项目负责人

[16] 国家自然科学基金 项目用于癌症基金诊疗的基因表达谱智能盲数据分析

  No.60371044        2004.1-2004.12          第一参加人

[17] 国家自然科学基金 项目脉冲耦合神经网络理论及其在自动目标识别中的应用研究

         No.60071026        2001.1-2003.12          第三参加人

[18] 国家自然科学基金 项目基于图论方法的前向神经网络优化结构的机理研究

     No.69971018    2000.1-2002.12    第三参加人

 

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